Malgré la grande qualité intrinsèque du jeu, GT 3 accuse quelques problèmes de lecture sur certaines séries de PlayStation 2. Les difficultés relatées sont une détérioration de la lentille de lecture lorsque GT 3 est lancé qui serait due à la poussière et l'usage de solution nettoyantes endommageantes. D'après plusieurs sites japonais, beaucoup de joueurs ont manifesté leur mécontentement sans pouvoir apporté de chiffres tangibles. Les européens (anglais comme français) ont connu sensiblement le même problème avec la démo de MGS 2.

Enfin, nous avons enfin confirmation que la performance exceptionnelle des ventes de Gran Tuurismo 3 n'est pas aussi élevée que le laisse entendre Sony Japon. Avec les chiffres de Dengeki (468 391 unités) recoupés de ceux de Famitsu, les ventes de Gran Turismo 3 n'ont pas franchi la barre des 500 000 exemplaires.

Sony Japon a décidé de rester muet à tout commentaires expliquant ce décalage des ventes entre deux sources indépendantes et ses propres sources.