Prototype dévoile son histoire plus en profondeur, et commence tout doucement à lever le voile sur un projet attendu de longue date par les joueurs.

Alex Mercer est un homme plus tout à fait humain, au passé trouble et à qui l'on a fait subir de mystérieuses transformations. Une bonne dose de questions, et à la clé une quête de vengeance. Dans son combat il sera accompagné de sa sœur, Dana, une journaliste qui pourra fouiller dans les sujets dérangeants, mais qui ne pourra pas tout faire non plus. L'une des cibles de nos héros se trouve être une organisation gouvernementale appelée BlackWatch, ayant à sa tête un ennemi tout trouvé en la présence du Specialist.

Au fil de l'aventure New York sombre dans le chaos, les créatures démoniaques et autres zombies pullulent dans les rues, de quoi donner un peu de travail à un autre coéquipier d'Alex, le docteur Raglant, physiologiste de son état.

Le scénario prend peu à peu de l'épaisseur, et sa sortie approche rapidement. Le mois de juin prochain verra une autre bataille débuter, entre deux jeux qui se ressemblent par certains côtés : Prototype et InFamous. À moins que l'un d'eux se retire en reportant sa date de sortie…