Chronologiquement, l'histoire de Splinter Cell : Essentials se déroulera juste après la fin de Splinter Cell : Double Agent. Suite aux évènements qui se dérouleront dans le quatrième épisode de la série, l'agent Sam Fisher sera conduit au quartier général de la NSA pour le débriefing. Là, notre agent secret (qui s'est infiltré dans un groupe terroriste) devra se justifier sur les actes odieux dont il est coupable. Il se rend vite compte que la NSA veut le manipuler et a délibérément constitué un dossier bidon dans lequel il apparait comme un agent violent, instable et au dessus des lois. Conscient de la conspiration qui pèse sur lui, Sam n'a pas d'autre choix que de se souvenir de ses missions passées pour comprendre qui veut le faire tomber...

C'est ainsi, par cette habile trouvaille scénaristique, que Splinter Cell : Essentials sera composé de 7 missions tirées de Splinter Cell, de Pandora Tomorrow, de Chaos Theory et de Double Agent et de 5 missions totalement inédites mettant en scène un Sam Fisher alors qu'il était un Navy Seal. On a hâte !